话要说，你可再来一下。”文德不听，于是渡江。于仲文选拔骑兵渡江追他。每次作战，必破敌军，乙支文德送诗于仲文说：“神策究天文，妙算穷地理。战胜功既高，知足愿云止。”于仲文回信叫他投降，文德烧掉军营而逃走。当时宇文述因粮尽想退军，于仲文说要以精兵追杀乙支文德，可以立功。
宇文述坚持阻止他，于仲文发怒说：“将军率十万之众，不能破小贼，有何脸面见皇上？而且这么一退，我于仲文此行，就无有战功了。”宇文述也厉声说：“何以见得无功？”于仲文说：“过去周亚夫为将时，看见天子，军容不变。这是因为决定权在他一人手里，所以他能功成名就。现在我们却人各一心，怎能赴敌？”起初，炀帝因于仲文有谋略，下令各部听他节制，所以仲文才有这番话。因此，宇文述等人不得已而听他的，于是前行。
往东到了萨水，宇文述以士兵饥饿为由而退回，所以隋军失败。杨广把这事交给有关部门处理，诸将都把罪过推给于仲文，杨广大怒，放了诸将，独关于仲文。于仲文忧愤发病，病很重了才出狱，后死在家里，时年六十八岁。于仲文撰有《汉书刊繁》三十卷、《略览》三十卷。有九个儿子，于钦明最有名。