中就爆发了一场小规模的内讧，这场内讧直接导致哈密守军分裂。
阿帕克和卓借助准噶尔的力量，攻陷莎车，这在叶尔羌很多人的眼中，那就是一个叛徒，若是阿帕克和卓能长时间统治叶尔羌，那么随着时间的作用，他的统治才能变的稳固。
但是阿帕克和卓刚刚即位不久，而且叶尔羌人的头顶上，还存在一个太上皇，准噶尔人，傀儡的日子，也让很多叶尔羌人很是不满。
如今有了乾朝这个外部的因素，再加上大军临城，哈密眼看已经守不住了，原来的守军不愿意为阿帕克和卓陪葬，那也是在情理之中。
内讧结束后，双方互有死伤，被阿帕克和卓派来的将军，认为已经守不住哈密了，于是在内讧不久后，便弃哈密城，逃往吐鲁番。
而没有逃走的守军，则大开城门，向乾军投降。
林士奇听闻守军内讧，大喜过望，急令古尔布哈派骑兵三千追杀逃军。
古尔布哈所部的蒙古精骑，在哈密以西六十里外，追上了这股逃军，斩杀敌军千余人，而逃出生天的，只有两百余骑兵。
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